정당이 헌법재판소 정당해산결정에 따라 해산된 경우 그 결정 취지에서 그 소속 비례대표지방의회의원의 의원직 상실이 곧바로 도출된다고 할 수 없다.
정당해산결정의 효과로 의원직이 상실되는지는 헌법에 규정이 없다. 국회의원은 정당해산제도의 취지상 상실된다고 보았지만, 지방의회의원까지 같다고 볼 수는 없다. 지방의회는 국가 차원의 정치적 의사형성 기관이 아니어서 위헌정당의 활동을 막는다는 취지가 그대로 미치지 않기 때문이다.
헌법이 특별히 정당설립의 자유와 복수정당제를 보장하고, 정당의 해산을 엄격한 요건 아래 인정하면서 정당을 특별히 보호한다고 하여도, 정당은 국민의 자발적 조직으로서, 그 법적 성격은 일반적으로 사적・정치적 결사 내지는 법인격 없는 사단이므로, 정당이 공권력의 행사 주체로서 국가기관의 지위가 있는 것은 아니다.
정당은 헌법이 특별히 보호하지만 그 법적 성격은 사적·정치적 결사, 즉 법인격 없는 사단이다. 그래서 정당은 공권력 행사의 주체가 아니라 오히려 기본권의 주체이고, 정당이 국가를 상대로 헌법소원을 낼 수 있는 근거가 여기에 있다.
임기 만료에 따른 국회의원선거에 참여하여 의석을 얻지 못하고 유효투표 총수의 100분의 2 이상을 득표하지 못할 때 정당 등록을 취소하더라도 정당설립의 자유는 침해되지 않는다.
의석을 못 얻고 득표율 2%에 못 미쳤다는 이유로 정당등록을 취소하면, 신생·군소정당은 한 번의 총선 결과만으로 존립을 잃는다. 국민의 정치적 의사형성에 참여할 기회 자체를 없애는 것이어서 정당설립의 자유를 침해한다. 「등록취소」와 「강제해산」은 요건이 다르지만, 정당을 소멸시킨다는 효과는 같다는 점을 함께 보아야 한다.
‘양심의 자유’가 보장하고자 하는 ‘양심’은 개인적 현상으로서 지극히 주관적인 것으로 그 대상이나 내용 또는 동기에 의하여 판단될 수 없으며, 특히 양심상의 결정이 이성적・합리적인가, 타당한가 또는 법질서나 사회규범, 도덕률과 일치하는가 하는 관점은 양심의 존재를 판단하는 기준이 될 수 없다.
양심은 지극히 주관적인 개인적 현상이라 그 내용이 합리적인지, 도덕률에 맞는지로 존재 여부를 판단할 수 없다. 다수의 가치관에 맞는 양심만 보호한다면 양심의 자유는 필요 없어진다.
육군훈련소장이 훈련병에게 개신교, 불교, 천주교, 원불교 종교행사 중 하나에 참석하도록 한 것은 국가가 종교를 군사력 강화라는 목적을 달성하기 위한 수단으로 전락시키거나, 반대로 종교단체가 군대라는 국가권력에 개입하여 선교행위를 하는 등 영향력을 행사할 수 있는 기회를 제공하므로, 국가와 종교의 밀접한 결합을 초래한다는 점에서 헌법상 정교분리원칙에 위배된다.
훈련병에게 네 종교 중 하나를 반드시 고르게 하면 무종교인은 설 자리가 없고, 국가가 특정 종교들을 사실상 편입해 운영하는 모습이 된다. 국가와 종교가 밀접하게 결합하는 것이므로 정교분리원칙에 위배된다.